#NEXUS

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[Aurelia cytochrome c oxidase subunit I]
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Sooke2_BC_Canada                GGACACTATATCTAATATTCGGTGCTTTTTCTGCTATGGTAGGAACCGCTTTTAGTATGATTATAAGATTGGAACTATCAGGACCTGGGTCCATGTTAGGAGACGATCAATTATATAATGTTGTAGTAACTGCCCACGCTTTCATAATGATATTTTTTTTCGTGATGCCCGTTCTAATAGGAGGGTTTGGAAACTGACTGGtTCCTTTATATATAGGGGCTCCAGATATGGCTTTTCCGAGACTTAACAATATTAGTTTCTGACTCTTGCCCCCGGCTTTATTACTTCTATTAGGGTCCTCCCTTATAGAACAAGGAGCAGGTACTGGATGAACTGTaCATCCCCCACTAAGCTCGATTCAgGCTCATTCCGGAGGTTCAGTGGATATGGCTATATTTAGTCTACATTTGGCAGGAGCTTCCTCTATTATGGGTGCTATTAATTTTATTACCACAATTCTAAACATGAGAGCCCCCGGAATGACAATGGATAAGATACCCCTATTTGTTTGGTCTGTATTAGTCACTGCAGTATTATTATTGCTATCCTTGCCTGTCTTGGCTGGGGCAATAACCATGTTGTTAACCGATAGGAACTTCAATACATCTTTTTTCGATCCTGCTGGAGGAGGAGACCCTATTTTGTTTCAACATCTTTTT
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TomalesBay3_Ca_USA              GAACACTATATCTAATATTCGGTGCTTTTTCTGCTATGGTAGGAACCGCTTTTAGTATGATTATAAGATTGGAACTATCAGGACCCGGGTCCATGTTAGGAGACGATCAATTATATAATGTTGTAGTAACTGCCCACGCTTTCATAATGATATTTTTTTTCGTGATGCCCGTCCTAATAGGAGGGTTCGGAAACTGGTTGGTTCCCTTATACATAGGAGCCCCAGATATGGCTTTCCCGAGACTTAACAATATTAGTTTTTGACTCTTACCCCCAGCTTTATTACTTCTATTAGGATCTTCTCTTATAGAACAAGGAGCAGGTACCGGATGAACTGTATACCCTCCACTAAGCTCGATTCAGGCTCATTCCGGAGGTTCGGTGGATATGGCTATATTTAGTTTACATTTGGCAGGGGCTTCTTCTATCATGGGTGCTATTAATTTTATTACTACCATTCTGAACATGAGAGCCCCTGGAATGACAATGGATAAGATACCCCTATTTGTTTGGTCTGTATTAGTTACTGCAATATTATTATTGTTATCCTTGCCTGTTTTGGCTGGAGCAATAACCATGTTACTAACCGACAGGAACTTTAATACATCTTTTTTCGATCCTGCTGGGGGAGGAGACCCTATTTTGTTTCAACATCTTTTT
MontereyBay2_Ca_USA             ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????GTTCCCCTATATATAGGAGCCCCAGATATGGCTTTCCCGAGACTTAACAATATTAGTTTTTGACTCTTACCCCCAGCTTTATTACTTCTATTAGGATCTTCTCTTATAGAACAAGGAGCAGGTACCGGATGAACTGTATACCCTCCACTAAGCTCGATTCAGGCTCATTCCGGAGGTTCGGTGGATATGGCTATATTTAGTTTACATTTGGCAGGGGCTTCTTCTATCATGGGTGCTATTAATTTTATAACTACCATTCTGAACATGAGAGCCCCTGGAATGACAATGGATAAGATACCCCTATTTGTTTGGTCTGTATTAGTTACTGCAGTATTATTATTGTTATCCTTGCCTGTTTTGGCTGGAGCAATAACCATGTTACTAACCGACAGGAACTTTAATACATCTTTTTTCGATCCTGCTGGGGGAGGAGACCCTATTTTGTTTCAACATCTTTTT
MontereyBay3_Ca_USA             ???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????CCCCTATATATAGGAGCCCCAGATATGGCTTTCCCGAGACTTAACAATATTAGTTTTTGACTCTTACCCCCAGCTTTATTACTTCTATTAGGATCTTCTCTTATAGAACAAGGAGCAGGTACCGGATGAACTGTATACCCTCCACTAAGCTCGATTCAGGCTCATTCCGGAGGTTCGGTGGATATGGCTATATTTAGTTTACATTTGGCAGGGGCTTCTTCTATCATGGGTGCTATTAATTTTATAACTACCATTCTGAACATGAGAGCCCCTGGAATGACAATGGATAAGATACCCCTATTTGTTTGGTCTGTATTAGTTACTGCAGTATTATTATTGTTATCCTTGCCTGTTTTGGCTGGAGCAATAACCATGTTACTAACCGACAGGAACTTTAATACATCTTTTTTCGATCCTGCTGGGGGAGGAGACCCTATTTTGTTTCAACATCTTTTT
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TokyoBay_Japan                  GAACATTATATCTAATATTCGGTGCTTTCTCTGCTATGGTAGGAACTGCCTTTAGTATGATTATAAGATTGGAACTGTCAGGACCTGGATCTATGcTAGGAGATGACCAATTATACAATGTTGTAGTAACTGCACATGCTCTAATAATGATTTTCTTTTTTGTTATGCCCGTCTTAATAGGGGGGTTTGGAAATTGACTGGTTCCATTATATATTGGAGCCCCAGATATGGCTTTCCCAAGGCTTAACAATATTAGTTTTTGATTGCTACCCCCAGCTCTGCTTTTACTATTAGGGTCTTcTCTTATAGAACAGGGAGCAGGTACTGGATGAACAATTTATCCCCCCCTAAGCGCAATTCAGGCCCATTCCGGTGGTTCAGTAGATATGGCTATATTTAGTTTGCATCTGGCAGGGGCCTCCTCAATAATGGGAGCTATAAATTTTATCACTACCATATTAAATATGAGGGCCCCCGGAATGACTATGGATAAAATACCTCTATTCGTATGATCCGTACTGGTAACCGCAATATTATTGtTATTATCCTTACCTGtCTTGGCTGGGGCTATTACAATGTTATTAACCGACAGAAACTTTAATACATCCTTCTTTGACCCTGCTGGAgGAgGAGATCCAATTTTATTTCAgCATCTTTTC
Malakal48_Palau[CRRF][L23/H23]  gaacactttacttaatatttggtgcctTTTCCGCTATGGTAGGAaCCGCATTTAGtATGATTATCAGATTAGAATTATCAGGACCTGGATCCATGTTAGgAGATGATCAGTTATACAATGTTGTAGTTACTGCCCACGCTTTGATAATGATCTTTTTCTTCGtAATGCCTGTTTTGATAGgAGGGTTTGGAAACTGATTAGTACCTCTTTATATTGGGGCCCCAGATATGGCTTTTCCAAGACTAAATAATATTAGCTTCTGACTTTTACCACCGGCTTTATTACTTTTATTAGGATCTTCACTAATTGAACAAGGAGCAGGTACCGGATGAACTGTATATCCTCCTTTAAGCTCTATCCAAGCCCATTCAGGAGGTTCAGTAGATATGGCAATATTCAGCCTACATTTAGCAGGAGCTTCCTCTATAATGGGAGCTATTAATTTTATAACAACTATTTTAAATATGAGAGCCCCCGGGATGACAATGGATAGAATACCTCTATTCGTCTGATCGGTATTAGTAACAGCAATATTATTACTATTATCTCTCCCTGTTCTTGCTGGAGCAATTACTATGTTGTTGaCAGACAGAAATTTCAACACATCTTTcTTTGACCCCGCTGGAGGAgGAGATCCAATTTTATTTCAACATCTTTTT
NgellChannel45_Palau            GAACACTATATTTAATTTTCGGGGCCTTTTCTGCTATGGTAGGAACTGCCTTTAGTATGATTATAAGATTAGAGTTATCAGGACCTGGATCCATGTTAGGGGACGATCAACTATACAATGTTGTGGTCACTGCCCATGCCCTTATAATGATCTTCTTTTTTGTAATGCCAGTTTTAATAGGGGGATTTGGAAACTGACTGGTGCCTTTATATATAGGAGCTCCGGATATGGCCTTTCCAAGACTTAACAATATTAGTTTTTGACTTTTACCTCCAGCTCTGCTACTTCTATTGGGATCTTCACTAATAGAACAAGGAGCAGGTACTGGGTGAACTGTTTACCCTCCTTTGAGTTCAATTCAAGCTCATTCAGGAGGTTCTGTAGATATGGCAATATTTAGCCTACACCTGGCAGGGGCTTCATCCATAATGGGTGCTATTAATTTTATAACTACTATTTTAAATATGAGAGCCCCTGGAATGACAATGGATAGAATACCTCTATTTGTATGATCTGTATTAGTTACAGCAATCCTGTTATTACTTTCCCTTCCAGTCCTTGCTGGAGCAATTACAATGCTCCTAACTGATAGAAATTTCAATACATCTTTCTTTGATCCCGCTGGAGGAGGAGACCCAATACTATTCCAACATCTCTTT
HelenReef4_Palau[L3/H3]         GAACaCTATATTTAATTTTCGGGGCCTTTTCTGCTATGGTAGGAACTGCCTTTAGTATGATTATAAGATTAGAGCTATCAGGACCTGGATCCATGTTAGGGGACGATCAACTATACAATGTTGTGGTCACTGCTCATGCCCTTATAATGATCTTCTTTTTTGTAATGCCAGTTTTAATAGGGGGATTTGGAAACTGACTGGTGCCTTTATACATAGGAGCTCCAGATATGGCCTTTCCAAGACTCAACAATATTAGTTTTTGGCTTTTACCTCCAGCTCTACTACTTCTATTGGGATCTTCACTAATAGAACAAGGAGCAGGTACTGGGTGAACTGTTTACCCTCCTTTAAGTTCAATTCAAGCTCATTCAGGAGGTTCTGTAGATATGGCAATATTTAGCCTACATCTGGCAGGGGCTTCATCTATAATGGGTGCTATTAATTTTATAACTACTATTTTAAATATGAGAGCCCCTGGAATGACAATGGATAGAATACCTCTATTTGTATGATCTGTACTAGTTACaGCAATCCTGTTATTACTTTCTCTTCCAGTCCTTGCTGGAGCAATTACAATGCTTCTAACCGAT?GAAATTTCAATACATCTTTCTTTGATCCCGCTGGAGGAGGAGACCCAATACTATTgCAACATCTCTTT
OTM2_Palau[F,H22]               GAaCATTATaTTTAATATTCGgAGCTTTCTCCGcTATGGTAGGAACTGCATTCAGTATGATTATCAGATTGGAACTATCAGGTCCTGGATCCATGcTAGgAGATGATCAACTATaCAACGTTGTAGTTaCCGCTCATGCTCTTATAATGATCTTTTTCTTCGTAATGCCCGTTCTAATAGAAGGTTTTGGAAATTGATTGGtACCCTTGTATATAGGAGCTCCAGATATGGCCTTCCCTAGGCTGAACAATATAAGTTTcTGACTTCTACCTCCAGCTTTATTGCTTTTATTAGGATCTTCATTGAT?GAACAAGGGGCAGGTACCGGATGAACCATATATCCTCCTCTAAGTTCTATTCAGGCTCATTCCGGAGGTTCTGTAGATATGGCTATATTCAGCTTACATTTGGCAGGAGCCTCATCCATAATGGGTGCTATTAATTTTATTACAACTATCCTAAATATGAGAGCCCCTGGAATGACGATGGACAGAATACCTTTATTTGTTTGGTCTGTTTTGGTCACTGCAATACTACTGCTATTATCTCTACCCGTCCTCGCCGGAGCAATTACTATGCTATTAACTGACAGGAATTTTAACACATCTTTCTTTGATCCTGCTGGAGGAGGGGATCCAATTCTATTTCAACATCTTTTC
OngaelLO28_Palau[L16]           ?aACATTATATTTAATATTCGGAGCTTTcTCCGCTATGGtAGGAACTGCATTCAGtATGATTATCAGATTGgAACTATCAGGTCCTGGATCCATgcTAGGAGATGATCAACTATACaACGTtGTAGTTaCCGcTCAtGCTTCTAtAATGaTCtTTTTCTTcGTAATGCCcGTTCTAATAGgAGGTTTTGgAAATTGATTGGTACCCTTGTATATAGGAGCTCCAGATATGGCCTTCCCTAGGCTGAACAATATAAGTTTCTGACTTCTACCTCCAGCTTTATTGCTTTTATTAGGATCTTCATTGATTGAACAAGGGGCAGGTACCGGATGAACCATATATCCTCCTCTAAGTTCTATTCAGGCTCATTCTGGAGGTTCTGTAGATATGGCTATATTCAGCTTACATTTGGCAGGAGCCTCATCCATAATGGGTGCTATTAATTTTATTACAACTATCCTAAATATGAGAGCCCCTGGAATGACGATGGACAGAATACCTTTATTTGTTTGGTCTGTTTTGGTCACTGCAATACTACTGCTATTATCTCTACCCGTCCTCGCCGGAGCAATTACTATGCTATTAACTGACAGGAATTTTAACACATCTTTCTTTGATCCTGCTGGAGGAGGGGATCCAATTCTATTTCAACATCTTTTC
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BJLK1_Palau[L12 ACOI-H,poor]    GAACATTATATTTAATATTCGGAGCTTTCTCCGCTATGGTAGGAACTGCATTCAGTATGATTATCAGATTGGAACTATCAGGTCCTGGATCCATGCTAGGAGATGATCAACTATaCAACGTTGTAGTTACCGCTCATGCTCTTATAATGATCTTTTTCTTCGTAATGCCCGTTCTAATAGGAGGTTTTGGAAATTGATTGGTACCCTTGTATATAGGAGCTCCAGATATGGCCTTCCCTAGGCTGAACAATATAAGTTTCTGACTTCTACCTCCAGCTTTATTGCTTTTATTAGGATCTTCATTGATTGAACAAGGGGCAGGTACCGGATGAACCATATATCCTCCTCTAAGTTCTATTCAGGCTCATTCTGGAGGTTCTGTAGATATGGCTATATTCAGCTTACATTTGGCAGGAGCCTCATCCATAATGGGTGCTATTAATTTTATTACAACTATCCTAAATATGAGAGCCCCTGGAATGACGATGGACAGAATGCCTTTATTTGTTTGGTCTGTTTTGGTCACTGCAATACTACTGCTATTATCTCTACCCGTCCTCGCCGGAGCAATTACTATGCTATTAACTGACAGGAATTTTAACACATCtTTcTTTgATCcTGCTGGAGGAGGGGATCCAat???????????????????
BJLK5_Palau[L13 ACOI-H]         ??????????????ATTTTCGGGGCCTTTTCTGCTATGGTAGGAACTGCCTTTAGTATGATTATAAGATTAGAGCTATCAGGACCTGGATCCATGTTAGGGGACGATCAACTAtACAATGTTGTGGtCACTGCTCAtGCCCTTATAATGATCTTCTTTTTTGTAATGCCAGTTTTAATAGGGGGATTTGGAAACTGACTGGTGCCTTTAtACATAGGAGCTCCAGATATGGCCTTCCCTAGGCTGAACAATATAAGTTTCTGACTTCTACCTCCAGCTTTATTGCTTTTATTAGGATCTTCATTGATTGAACAAGGGGCAGGTACCGGATGAACCATATATCCTCCTCTAAGTTCTATTCAGGCTCATTCTGGAGGTTCTGTAGATATGGCTATATTCAGCTTACATTTGGCAGGAGCCTCATCCATAATGGGTGCTATTAATTTTATTACAACTATCCTAAATATGAGAGCCCCTGGAATGACGATGGACAGAATGCCTTTATTTGTTTGGTCTGTTTTGGTCACTGCAATACTACTGCTATTATCTCTACCCGTCCTCGCCGGAGCAATTACTATGCTATTAACTGACAGGAATTTTAACACATCTTTCTTTGATCCTGCTGGAGGAGGGGATCCAATTCTATTTCAACATCTTTTC
TKCU12_Palau[L10 ACOI-H]        ??????????????????????????????????????????????????????GTATgaTTaTCAGATTAGAATTATCAGGACCTGGATCCATGTTAGGAGATGATCAGTTATACAATGTTGTAGTTACTGCCCACGCTTTAATAATGATCTTTTTCTTCGTAATGCCTGTTTTGATAGGAGGGTTTGGAAACTGATTAGTACCTCTTTATATTGGGGCCCCAGATATGGCTTTTCCAAGACTAAATAATATTAGCTTCTGACTTTTACCACCGGCTTTATTACTTTTATTAGGATCTTCACTAATTGAACAAGGAGCAGGTACCGGATGAACTGTATATCCtCCtTTAAGTTCTATCCAAGCCCATTCAGGAGGtTCAGTAGAtATGGcAATATTcAgCCTACATTTAgCAGGAGCCTCCTCTATAATGGGAGCTATTAATTTTaTAACAcCTATTTtAAATATGAGAGCCCCCGGGATGACAATGGATAGAATACCTCTATTCGTCTGATCGGtATTAGTAACAGCAATATTATTACTATTATCTCTCCCCGTTCTTGCTGGAGCAATTACTATGTTGTTGACAGACAGAAATTTCAACACATCTTTCTTTGACCCCCgTGGAGGAGGAGAtCCAATTTTATTTCAACATCTTTTT
TKCU13_Palau[L11 ACOI-H]        ??????????????????????????TTTTCCGCTATGGTAGGaACCGCATTTAGTATGATTATCAGATTAGAATTATCAGGacCTGgATCCATGtTAGgAGATGATCAGTTATACAATGTTGTAGTTACTGCCCACGCTTTGATAATGATCTTTTTCTTCGTAATGCCTGTTTTGATAGAAGGGTTTGGAAACTGATTAGTACCTCTTTATATTGGGGCCCCAGATATGGCTTTTCCAAGACTAAATAATATTAGCTTCTGACTTTTACCACCGGCTTTATTACTTTTATTAGGATCTTCACTAATTGaACAAGGAGCAGGTACCGGATGAACTGTATATCCTCCTTTAAGTTCTATCCAAGCCCATTCAGGAGGTTCAGTAGATATGGCAATATTCAGCCTACATTTAGCAGGAGCCTCCTCTATAATGGGAGCTATTAATTTTATAACAACTATTTTAAATATGAGAGCCCCCGGGATGACAATGGATAGAATACCTCTATTCGTCTGATCGGTATTAGTAACAGCAATATTATTACTATTATCTCTcCCCGTTCTTGCTGGAgCAATTACTATGtTGtTGACAGACAGAAAtTTCAACaCATcTTtCTTtGACCCCGcTggaggaggagatccaattttatttcaacatcttttt
TketauLM35_Palau[L8 ACOI-H]     ??????????????????????????????ccgctatggtaggAaCCGCATTtAGTATGATTATCAGATTAGAATTATCAGGaCCTGgATCCATGTTAGGAGATGATCAGTTATACAATGTTGTAGTTACTGCCCATGCTTTGATAATGATCTTTTTCTTCGTAATGCCTGTTTTGATAGGAGGGTTTGGAAACTGATTAGTACCTCTTTATATTGGGGCTCCAGATATGGCTTTTCCAAGACTAAATAATATTAGCTTCTGACTTTTACCACCGGCTTTATTACTTTTATTAGGATCTTCACTAATTGAACAAGGAGCAGGTACCGGATGAACTGTATATCCTCCTTTAAGTTCTATCCAAGCCCATTCAGGAGGTTCAGTAGATATGGCAATATTCAGCCTACATTTAGCAGGAGCTTCCTCTATAATGGGAGCTATTAATTTTATAACAATTATTTTAAATATGAGAGCCCCCGGGATGACAATGGATAGAATACCTCTATTCGTCTGATCGGTATTAGTAACAGCAATATTATTACTATTATCTCTCCCcGTTCTTGCTggagcaattactatgttgctgacagacagaaattt?????????????????????????????????????????????????????????????
BostonHbr1_Ma_USA               gaacactatacttaatatttggtgctttttccgccatggtgggaactgccttcagtatgattataagactggaactatcaggcccaggatccatgttggggcacgatcaactatataacgttgtagtaaccgctcatgctcttataatgattttctttttcgtaatgcccgttttgatagggggatttggaaactggctagttcccctatatataggagctccagatatggcctttccaaggcttaacaatattagtttctgattattacctccagctttattactattattagggtcttctcttatagaacaaggagcaggtactggttgaaccatttaccctcctttaagttcaatacaagctcattccggaggttcagtagatatggccatatttagtcttcatttagcaggagcttcctctattatgggtgctattaactttattaccactattttaaatatgagagcccctggtatgaccatggatagaatacctttattcgtatgatctgtattagttactgcaatcttattattgttgtccttacccgtattagctggggcaattaccatgttgttgactgatagaaatttcaacacatccttctttgaccctgctgggggaggagatccaatactattccaacatttattt
BostonHbr2_Ma_USA               gaacactatacttaatatttggtgctttttccgccatggtgggaactgccttcagtatgattataagactggaactatcaggcccaggatccatgttgggggacgatcaactatataacgttgtagtgaccgctcatgcccttataatgattttctttttcgtaatgcccgttttgatagggggatttggaaactgactagttcccctatatataggagctccagatatggcctttccaaggcttaacaatatcagtttctgattattacctccagctttattactattattagggtcttcccttatagaacaaggagcaggtactggttgaaccatttaccctcctttaagttcaatacaagctcattctggaggttcagtagatatggccatatttagtcttcatttagcaggagcttcctctattatgggtgctattaactttattaccactattttaaatatgagagcccctggtatgaccatggatagaatacctttattcgtatgatctgtattagtcactgcaatcttattattgttgtccttacccgtattagctggggcaattaccatgttgttgactgatagaaatttcaacacatccttctttgaccctgctgggggaggagatccaatactattccaacatttattt
Bosporus1                       ??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????TAGTTCCCCTATATATAGGAGCTCCAGATATGGCCTTTCCAAGGCTTAACAATATCAGTTTCTGATTATTACCTCCAGCTTTATTACTATTATTAGGGTCTTCCCTTATAGAACAAGGAGCAGGTACTGGTTGAACCATTTACCCTCCTTTAAGTTCAATACAAGCTCATTCTGGGGGTTCAGTAGATATGGCCATATTTAGTCTTCATTTAGCAGGAGCTTCCTCTATTATGGGTGCTATTAACTTTATTACCACTATTTTAAATATGAGAGCCCCTGGTATGACCATGGATAGAATACCTTTATTCGTATGATCTGTATTAGTTACTGCAATCTTATTATTGTTGTCCTTACCCGTATTAGCTGGGGCAATTACCATGTTGTTGACTGATAGAAATTTCAACACATCCTTCTTTGACCCTGCTGGGGGAGGAGATCCAATACTATTCCAACATTTATTT
Bosporus2                       GAACACTATACTTAATATTTGGTGCTTTTTCCGCCATGGTGGGAACTGCCTTCAGTATGATTATAAGACTGGAACTATCAGGCCCAGGATCCATGTTGGGGGACGATCAACTATATAACGTTGTAGTGACCGCTCATGCTCTTATAATGATTTTCTTTTTCGTAATGCCCGTTTTGATAGGGGGATTTGGAAACTGGCTAGTTCCCCTATATATAGGAGCTCCAGATATGGCCTTTCCAAGGCTTAACAATATCAGTTTCTGATTATTACCTCCAGCTTTATTACTATTATTAGGGTCTTCCCTTATAGAACAAGGAGCAGGTACTGGTTGAACCATTTACCCCCCTTTAAGTTCAATACAAGCTCATTCTGGGGGTTCAGTAGATATGGCCATATTTAGTCTTCATTTAGCAGGAGCTTCCTCTATTATGGGTGCTATTAACTTTATTACCACTATTTTAAATATGAGAGCCCCTGGTATGACCATGGATAGAATACCTTTATTCGTATGATCTGTATTAGTTACTGCAATCTTATTATTGtTGTCCTTACCAGTATTAGCTGGGGCAATTACCATGTTGTTGACTGATAGAAATTTCAACACATCCTTCTTTGACCCTGCTGGGGGAGGAGATCCAATACTATTCCAACATTTATTT



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Sooke1a_BC_Canada                    ATTACCGAATGATGTCATGTCATGTCATGT-----GTTGTGTCATGTTCTATGCGCACATATACATACATACATACATACATACATACATACAACTGCTATTCTGTTGTTTCGA----------CA--AC------ACGAATAAC-------CACTGTGAACTTGTACCTATcTGTGTGAGGTGGGCAGGGTGCACATGC-------GTGTGTACGTcTGTGCTTAAATGACGGGCGTTTTCCCATcGGCCTCACATGGAGTTTGCTT--AT-GTT------TTCT----TCAAAACTAC-CTGT----TTTATTCCTGATCATA----------ATCGAACCTTTTTTT-ATCAAGAAAAAGTTTGGT--TAAGTTAC-A----AAAATGAGATACAA
Sooke2a_BC_Canada                    ATTACCGAATGATGTCATGTCATGTCATGTCATGTGTTGTGTCATGTTCTAAGCGCACATATACATACATACATACATACATACA--------ACTGCTATTCTGTTGTTTCGA----------CA--AC------ACGAATAAC-------CACTGTGAACTTGTACCTATCTGTGTGAGGTGGGCAGGGTGCACATGC-------GTGTGTACGTCTGTGCTTAAATGACGGGCGTTTTCCCATCGGCCTCACATGGAGTTTGCTT--AT-GTT------TTCT----TCAAAACTAC-CTGT----TTTATTCCTGATCATA----------ATCGAACCTTTTTTC-ATTAA---AAAGTTTGGT--TAAGTTAC-A----AAAATGAGATACAA
NewportBay3a_Or_USA                  ATTACCGAATGATGTCATGTCATGTCATGT-----GTTGTGTCATGTTCTATGCGCACATATACATACATACATACATACATACA--------ACTGCTATTCTGTTGTTTCGa----------CA--AC------ACGAATAAC-------CACTGTGAACTTGTACCTATCTGTGTGAGGTGGGCAGGGTGCACATGC-------GTGTGTACGTCTGTGCTTAAATGACGGGCGTTTTCCCATCGGCCTCACATGGAGTTTGCTT--AT-GTT------TTCT----TCAAAACTAC-CTGT----TTTATTCCTGATCATA----------ATCGAACCTTTTTTTTATCAAGAAAAAGTTTCGT--TAAGTTAC-A----AAAATGAGATACAA
TomalesBay3a_Ca_USA                  ATTACCGAATGATGTCATGTCATGTCATGT-----GTTGTGTCATGTTCTATGCGCACATATACATACATACATACATACATACA--------ACTGCTATTCTGTTGTTTCGA----------CA--AC------ACGAATAAC-------CACTGTGAACTTGTACCTATCTGTGTGAGGTGGGCAGGGTGCACATGC-------GTGTGTACGTCTGTGCTTAAATGACGGGCGTTTTCCCATCGGCCTCACATGGAGTTTGCTT--AT-GTT------TTCT----TCAAAACTAC-CTGT----TTTATTCCTGATCATA----------ATCGAACCTTTTTTT-ATCAAGAAAAAGTTTGGt--TAAGTTAC-A----AAAATGAGAT-CAA
MontereyBay2a_Ca_USA[clone1]         ATTACCGAATGATGTCATGTCATGTCATGT-----GTTGTGTCATGTTCTATGCGCACATATACATACATACATACA----------------ACTGCTATTCTGTTGTTTCGA----------CA--AC------ACGAATAGC-------CACTGTGAACTTGTACCTATCTGTGTGAGGTGGGCAGGGTGCACATGC-------GTGTGTACGTCTGTGCTTAAATGACGGGCGTTTTCCCATCGGCCTCACATGGAGTTTGCTT--AT-GTT------TTCT----TCAAAACTAC-CTGT----TTTATTCCTGATCATA----------ATCGAACCTTTTTTT-ATTAA---AAAGTTTGGT--TAAGTTAC-A----AAAATGAGATACAA
MontereyBay3b_Ca_USA[clone1]         ATTACCGAATGATGTCATGTCATGTCATGT-----GTTGTGTCATGTTCTGTGCGCACATATACATACATACATACATACATACATACA----ACTGCTATTCTGTTGTTTCGA----------CA--AC------ACGAATAAC-------CACTGTGAACTTGTACCTATCTGTGTGAGGTGGGCAGGGTGCACATGC-------GTGTGTACGTCTGTGCTTAAATGACGGGCGTTTTCCCATCGGCCTCACATGGAGTTTGCTT--AT-GTT------TTCT----TCAAAACTAC-CTGT----TTTATTCCTGATCATA----------ATCGAACCTTTTTTT-ATCAAGAAAAAGTTTGGT--TAAGTTAC-A----AAAATGAGATACAA
NewportBeach1b_Ca_USA                ATTACCGAAA-----CT-----TGCAGTTTA--------TG------------CT-------------GCAAAAAGCT----------------ATTCTATTCTGTTGAGCGGA------TGCTTGTCATTCGACAACGAATAAAGAATAACCACTGTGAACTTGTACCTATCTGTGTGAGGTGGGCAGAGTGCACATGC-------GTGTGTACGTCTGAGCTTAAATGACGGGCGTTTTCCCATCGGCCTCACATGGAGTTTTTTT-CATTGTTAATAACTTGT------GTAAA-A----ATTA-----ATTCCTGAAAATGG----------TCAAAC-TTTTTTG--G----------TTTGGC--TAAGTTGCAA-----AAATGAGATACAA
NewportBeach3a_Ca_USA                ATTACCGAAA-----CT-----TGCAGTTTA--------TG------------CT-------------GCAAAAAGCT----------------ATTCTATTCTGTTGAGCGGA------TGCTTGTCATTCGACAACGAATAAAGAATAACCACTGTGAACTTGTACCTATCTGTGTGAGGTGGGCAGAGTGCACATGC-------GTGTGTACGTCTGAGCTTAAATGACGGGCGTTTTCCCATCGGCCTCACATGGAGTTTTTTT-CATTGTTAATAACTTGT------GTAAA-A----ATTA-----ATTCCTGAAAATGG----------TCAAAC-TTTTTTG--G----------TTTGGC--TAAGTTGCAA-----AAATGAGATACAA
TokyoBaya_Japan[1,3]                 ATTACCGAAA-----CT-----TGCAGTTTA--------TG------------CT-------------GCAAAAAGCT----------------ATTCTATTCTGTTGAGCGGA------TGCTTGTCATTCGACAACGAATAAAGAATAACCACTGTGAACTTGTACCTATCTGTGTGAGGTGGGCAGAGTGCACATGC-------GTGTGTACGTCTGAGCTTAAATGACGGGCGTTTTCCCATCGGCCTCACATGGAGTTTTTTT-CATTGTTAATAACTTGT------GTAAA-A----ATTA-----ATTCCTGAAAATGG----------TCAAAC-TTTTTTG--G----------TTTGGC--TAAGTTGCAA-----AAATGAGATACAA
Malakal48b_Palau                     ATTACCGTAC-----CGTACAGTATGTAGTG-------------CCAACTTGCCT-------------ACTTACTACTTACT-----------GCTGCTATTCTGTTGAGCGAA--TGAATGCTCATCATTCGACAACGAATAAC-AACAACCACTGTGAACTTGTACCAATCTGTGTGAGGTGTGCAGAGTGCACAC-G------AGTGTGTACGTCTGTGCTTAAATGACTGGCGCTCTCCAGTCGGCCTCACATGGAGTTTGCTC---CTGTTGCAAATTTTTTCTCTCGAAATGACATTATTGCTATTATTCCTGATCATGAGAATCAAGTATTGAGTG-AGACTT-ACTTA-------CTTGTTTCTGAGTTGCGA-AGAGAAATTAGATACAA
NgellChannel45a_Palau                ATTACCGTATG----CCTATGTTAGTGCATT--------T---------TTG----------------ACTAACTAGT----------------TTGCTATTCTGTTGAGCGAATTTTTTTGAAAAACATTCGACAACGAATAAC-AACAACCACTGTGAACTCGTACCAATCTGTGTGAGGTGTGCAGAGTGCACACGC-------GTGCGTACGTCTGTGCTTAAATGACCGGCGTTTTCCAGTCGGCCTCACATGGAGTTTGCTC---TTGTTGCAAATTTTT-----CCAAATGAC-TTATTATCATTATTCCTGATCGTAA----TA---ATTGAAC------TC-AAGAG-------TTCGAT--TAAAGTGTAGTAGAAAAATGAGATACAA
HelensReef4b_Palau                   ATTACCGTATG----CTTATGTTAGTGCATT--------T---------TTG----------------ACTAACTAGT----------------TTGCTATTCTGTTGAGCGAATTTTTTTGAAAAACTTTCGACAACGAATAAC-AACAACCACTGTGAACTCGTACCAATCTGTGTGAGGTGTGCAGAGTGCACACGC-------GTGTGTACGTCTGTGCTTAAATGACTGGCGTTTTCTAGTCGGCCTCACATGGAGTTTGCTC---TTGTTGCAAATTTTT-----CCAAGTGAC-TTTATTTCCAAATTATTCCTGATCA----TAATAATTGAAC------TC-AAGAG-------TTCGAT--TAAAGTGTAGTAGAAAAATGAGATACAA
OTM2b_Palau[sample#F]                ATTACCGTAC-----CG-----TACTGTAT---------------------------------------CGTACTGCT---------------GCTGCTATTCTGTTGAGCGAC--TGATTCCACATCATTCGACAACGAATAAC-AACAACCACTGTGAACCTGTACCCATCTGTGTGAGGTGTGCAGAGTGCACACGAGTAGCTAGTGTGTACGTCTGCCCTTAAATGACTGGCGTTTTCCAGTCGGCCTCACATGGAGTCTGCTC---TTGTTGCAAATTTCT-CTCTCGAAATGACCTGATTC---TTATTCCTGATCTTGA----TAGGTATCAAGTG-CGG-TC-GAGCA-------TTTGATGTTGAGTTGCGA-AGAGAATTTAGATACAA
OngaelLO28ab_Palau                   ATTAccGtAC-----CG-----TACTGTAT---------------------------------------CGTACTGCT---------------GCTGCTATTCTGTTGAGCGAC--TGATTCCACATCATTCGACAACGAATAAC-AACAACCACTGTGAACCTGTACCCATCTGTGTGAGGTGTGCAGAGTGCACACGAGTAGCTAGTGTGTACGTCTGCCCTTAAATGACTGGCGTTTTCCAGTCGGCCTCACATGGAGTCTGCTC---TTGTTGCAAATTTCT-CTCTCGAAATGACCTGATTC---TTATTCCTGATCTTGA----TAGATATCAAGTG-CGG-TC-GAGCA-------TTTGATGTTGAGTTGCGA-AGAGAATTTAGATACAA
OngaelLO31ab_Palau                   ATTaCCGTaC-----CG-----TACTGTAT---------------------------------------cGTACTGCT---------------GCTGcTATTcTGTTGAGCGAC--TGATTCCACATCATTCGACAACGAATAAC-AACAACCACTGTGAACCTGTACCCATCTGTGTGAGGTGTGCAGAGTGCACACGAGTAGCTAGTGTGTACGTCTGCCCTTAAATGACTGGCGTTTTCCAGTCGGCCTCACATGGAGTCTGCTC---TTGTTGCAAATTTCT-CTCTCGAAATGACCTGATTC---TTATTCCTGATCTTGA----TAGATATCAAGTG-CGG-TC-GAGCA-------TTTGATGTTGAGTTGCGA-AGAGAATTTAGATACAA
BJLK1abcd_Palau                      ATTACCGTAC-----CG-----TACTGTAT---------------------------------------CGTACTGCT---------------GCTGCTATTCTGTTGAGCGAC--TGATTCCACATCATTCGACAACGAATAAC-AACAACCACTGTGAACCTGTACCCATCTGTGTGAGGTGTGCAGAGTGCACACGAGTAGCTAGTGTGTACGTCTGCCCTTAAATGACCGGCGTTTTCCAGTCGGCCTCACATGGAGTCTGCTC---TTGTTGCAAATTTCT-CTCTCGAAATGACCTGATTC---TTATTCCTGATCTTGA----TAGATATCAAGTG-CGG-TC-GAGCA-------TTTGATGTTGAGTTGCGA-AGAGAATTTAGATACAA
BJLK5a_Palau                         ATTACCGTAC-----CG-----TACTGTAT---------------------------------------CGTACTGCT---------------GCTGCTATTCTGTTGAGCGAC--TGATTCCACATCATTCGACAACGAATAAC-AACAACCACTGTGAACCTGTACCCATCTGTGTGAGGTGTGCAGAGTGCACACgAGTAGCTAGTGTGTACGTCTGCCCTTAAATGAC?GGCGTTTTCCAGTCTGCCTCACATGGAGTCTGCTC---TTGTTGCAAATTTCT-CTCTCGAAATGACCTGATTC---TTATTcCTGATCTTGA----TAGATATCAAGTG-CGG-TC-GAGCA-------TTTGATGTTGAGTTGCGA-AGAGAATTTAgATaCAA
TKCU12b_Palau                        ATTaCCGtAC-----CG-----TACAGTATG--------TAGTGCTAACTTGCCT-------------ACTTACTGCTTACT-----------GCTGCTATTCTGTTGAGCGAA--TGAATGCTCATCATTCGACAACGAATAAC-AaCAACCACTGTGAACTTGTACCAATCTGTGTGAGGTGTGCAGAGTGCACAC-G------AGTGTGTACGTCTGTGCTTAAATGACTGGCGCTCTCCAGTCGGCCTCACATGGAGTTTGCTC---CTGTTGCAAATTTTTTCTCTCGAAATGACATTATTGCTATTATTCCTGATCATGAGAATCAAGTATTGAGTG-AGACTT-ACTTA-------CTTGTTTcTGAGTTGcGA-AGAGAAATTAGATaCAa
TKCU13a_Palau                        ATTACCGTAC-----CGTACCGTACAGTATG--------TAGTGCTAACTTGCCT-------------ACTTACTGCTTACT-----------GCTGCTATTCTGTTGAGCGAA--TGAATGCTCATCATTCGACAACGAATAAC-AACAACCACTGTGAACTTGTACCAATCTGTGTGAGGTGTGCAGAGTGCACACCG------AGTGTGTACGTCTGTGCTTAAATGACTGGCGCTCTCCAGTCGGCCTCACATGGAGTTTGCTC---CTGTTGCAAATTTTT-CTCTCGAAATGACATTATTGCTATTATTCCTGATGATGAGAATCAAGTATTGAGTA-AGACTT-ACTTA-------CTTGTTTCTGAGTTGCGA-AGAAAAATTAGATACAA
TketauLM35a_Palau                    ATtaCCGTAC-----cG-----TACAGTATG--------TAGTGCCAACTTGCCT-------------ACTTACTACTTACT-----------GCTGCTATTCTGTTGAGCGAA--TGAATGCTCATCATTCGACAaCGAATAaC-AaCAaCC?CTGtGAACTTGtACCAATcTGTGTGAGGTGTGCAGAGTGCACAC-G------AGTGTGTACGTCTGTGCTTAAATGACTGGCGCTCTCCAGTCGGCCTCACATGGAGTTtGCTC---CTGTTGCAAATTTTTTCTCTCGAAATGACATTATTGCTATTATTCCTGATGATGAGAATCAAGTATTGAGTA-AGaCTT-aCTTA-------CTTGTTTcTGAGTTGCGA-AGAAAAATTAGATACAA
BostonHbr1_Ma_USA[clone1/2]          ATTACCGAAT----CTAC----CACTGTTA---------TGT--TGATC-----------------------ATAACT-CG-------------CTGCTATTCTGTTGAGCTAA----------CA--ACTCGGC-ACGAATAAC----AACCACTGTGAATTTGTACCAATCTGTGTGAGGTGGGCAGAGTATACATGC-------GTGTGTACGTCTGTGCTTAAATGACGGGCGTTTTCCCATCGGCCTCATATGGAGCTTGCTT--ATTGTT------TACTA---TTATAAATAC-TTATAA-ATTTTTTCCTGAAAATTT---------ATTGTG---TTATTC-ATTTA------GCGCAAT--GAAGATGTTA----AAAATGAAATACAA
BostonHbr2_Ma_USA[clone1/2]          ATTACCGAAT----CTAC----CACTGTTA---------TGT--TGATC-----------------------ATAACT-CG-------------CTGCTATTCTGTTGAGCTAA----------CA--ACTCGGC-ACGAATAAC----AACCACTGTGAATTTGTACCAATCTGTGTGAGGTGGGCAGAGTATACATGC-------GTGTGTACGTCTGTGCTTAAATGACGGGCGTTTTCCCATCGGCCTCATATGGAGCTTGCTT--ATTGTT------TACTA---TTATAAATAC-TTATAA-ATTTTTTCCTGAAAATTT---------ATTGTG---TTATTC-ATTTA------GCGCAAT--GAAGATGTTA----AAAATGAAATACAA
Bosphorus_1[1]                       ATTACCGAAT----CTAC----TGTTATGT---------TGT--TGGTCT---CG-------ACTGACACAAACAAAT-CG-------------CTGCTATTCTGTTGAGCTAA----------CA--ACTCGGC-ACGAATAAC----AACCACTGTGAACTTGTACCAATCTGTGTGAGGTGGGCAGAGTATACATGC-------GTGTGTACGTCTGTGCTTAAATGACAGGCGTTTTCCCATCGGCCTCACATGGAGCTTGCTT--TTTGTT------TACTA---TTATAAAAAC-TTAAAC-ATTTATTCCTGAAAATTT---------ATTGTG---TTATTC-ATTTA------GCGCAAT--GAAGATGTTA----AAAATGAAATACAA
Bosphorus_2abd[1]                    ATTACCGAAT----CTAC----TGTTATGT---------TGT--TGGTCT---CG-------ACTGACACAAACAAAT-CG-------------CTGCTATTCTGTTGAGCTAA----------CA--ACTCAGC-ACGAATAAC----AACCACTGTGAACTTGTACCAATCTGTGTGAGGTGGGCAGAGTATACATGC-------GTGTGTACGTCTGTGCTTAAATGACGGGCGTTTTCCCATCGGCCTCACATGGAGCTTGCTT--ATTGTT------TACTA---TTATAACAAC-TTATAA-AATTATTCCTGAAAATTT---------ATTGTG---TTATTC-ATTTA------GCGCAAT--GAAGATGTTA----AAAATGAAATACAA


;
end;

begin assumptions;

charset 2nd = 1 4 7 10 13 16 19 22 25 28 31 34 37 40 43 46 49 52 55 58 61 64 67 70 73 76 79 82 85 88 91 94 97 100 103 106 109 112 115 118 121 124 127 130 133 136 139 142 145 148 151 154 157 160 163 166 169 172 175 178 181 184 187 190 193 196 199 202 205 208 211 214 217 220 223 226 229 232 235 238 241 244 247 250 253 256 259 262 265 268 271 274 277 280 283 286 289 292 295 298 301 304 307 310 313 316 319 322 325 328 331 334 337 340 343 346 349 352 355 358 361 364 367 370 373 376 379 382 385 388 391 394 397 400 403 406 409 412 415 418 421 424 427 430 433 436 439 442 445 448 451 454 457 460 463 466 469 472 475 478 481 484 487 490 493 496 499 502 505 508 511 514 517 520 523 526 529 532 535 538 541 544 547 550 553 556 559 562 565 568 571 574 577 580 583 586 589 592 595 598 601 604 607 610 613 616 619 622 625 628 631 634 637 640 643 646 649 652 655 658 [661 664 667 670 673 676 679 682 685 688 691 694 697 700 703 ];
charset 3rd = 2 5 8 11 14 17 20 23 26 29 32 35 38 41 44 47 50 53 56 59 62 65 68 71 74 77 80 83 86 89 92 95 98 101 104 107 110 113 116 119 122 125 128 131 134 137 140 143 146 149 152 155 158 161 164 167 170 173 176 179 182 185 188 191 194 197 200 203 206 209 212 215 218 221 224 227 230 233 236 239 242 245 248 251 254 257 260 263 266 269 272 275 278 281 284 287 290 293 296 299 302 305 308 311 314 317 320 323 326 329 332 335 338 341 344 347 350 353 356 359 362 365 368 371 374 377 380 383 386 389 392 395 398 401 404 407 410 413 416 419 422 425 428 431 434 437 440 443 446 449 452 455 458 461 464 467 470 473 476 479 482 485 488 491 494 497 500 503 506 509 512 515 518 521 524 527 530 533 536 539 542 545 548 551 554 557 560 563 566 569 572 575 578 581 584 587 590 593 596 599 602 605 608 611 614 617 620 623 626 629 632 635 638 641 644 647 650 653 656 659 [662 665 668 671 674 677 680 683 686 689 692 695 698 601];
charset 1st = 3 6 9 12 15 18 21 24 27 30 33 36 39 42 45 48 51 54 57 60 63 66 69 72 75 78 81 84 87 90 93 96 99 102 105 108 111 114 117 120 123 126 129 132 135 138 141 144 147 150 153 156 159 162 165 168 171 174 177 180 183 186 189 192 195 198 201 204 207 210 213 216 219 222 225 228 231 234 237 240 243 246 249 252 255 258 261 264 267 270 273 276 279 282 285 288 291 294 297 300 303 306 309 312 315 318 321 324 327 330 333 336 339 342 345 348 351 354 357 360 363 366 369 372 375 378 381 384 387 390 393 396 399 402 405 408 411 414 417 420 423 426 429 432 435 438 441 444 447 450 453 456 459 462 465 468 471 474 477 480 483 486 489 492 495 498 501 504 507 510 513 516 519 522 525 528 531 534 537 540 543 546 549 552 555 558 561 564 567 570 573 576 579 582 585 588 591 594 597 600 603 606 609 612 615 618 621 624 627 630 633 636 639 642 645 648 651 654 657 [660 663 666 669 672 675 678 681 684 687 690 693 696 699 702 705 708 711 714 717 720 723 726 729 732 735 738 741 744 747 750 753 756 759 762 765 768 771 774 777 780 783 786 789 792 795 798 801 804 807 810 813 816 819 822 825 828 1107 1110 1113 1116 1119 1122 1125 1128 1131 1134 1137 1140 1143 1146 1149 1152 1155 1158 1161 1164 1167 1170 1173 1176 1179 1182 1185 1188 1191 1194 1197 1200 1203 1206 1209];
charset CO1 = 1-659;
charset ITS1 = 660-1056;
charset missing = 1-203;

[transition:transversion matrix based upon frequencies of ti:tv in d-loop, i.e. 57 transitions to 39 transversions
i.e. approximately 4.5x more transitions than transversions.] 

usertype Dloop_ti_tv stepmatrix = 4
     G  A  T  C    
[G]  0  1  3  3    
[A]  1  0  3  3    
[T]  3  3  0  1    
[C]  3  3  1  0    

;

end;